Chlamydien bei Männern sind viel weniger erforscht als bei Frauen. Jedoch können die Auswirkungen auch hier fatal sein, denn die Chlamydieninfektion geht meist ohne Symptome einher. Die Chlamydien Langzeitschäden können jedoch auch bei Männern zu Unfruchtbarkeit führen. Eine Chlamydieninfektion ist zudem hochgradig ansteckend. Wer nicht weiß, dass er die Bakterien in sich trägt, kann auch seine Sexualpartner nicht davor schützen. Da die Symptome einer Chlamydienerkrankungen meist erst Jahre später zutage kommen, schützt auch die Sicherheit einer langen und monogamen Beziehung nicht – denn die Ansteckung kann schlichtweg vor dieser Verbindung geschehen sein – egal wie lange das her ist.
Bei Männern werden durch Chlamydien die Harnröhre, die Prostata und die Nebenhoden befallen. Auch Augenentzündung durch Reiben mit infizierten Fingern (zum Beispiel durch Onanie) ist möglich. In Entwicklungsländern sind Chlamydien die häufigste Ursache für Blindheit – dies liegt allerdings in mangelnden Behandlungsmethoden der Augenentzündungen begründet. Chlamydien befallen aber auch den After und den Enddarm. Somit ist eine Infektion zudem nicht nur durch penetranten Geschlechtsverkehr möglich. Auch Befriedigung der Sexualpartnerin oder des Sexualpartners mit der Hand, Oralsex und Analsex können infizieren.
Zwar ist nicht so viel über Chlamydien bei Männern bekannt, doch ist klar, dass die Chlamydien Langzeitschäden auch hier fatal sind. Es kann zu Langzeitschäden wie Prostataentzündungen und Samenleiterentzündungen kommen. Dies kann zu einer Verstopfung der Samenleiter führen, was einen möglichen Grund für Unfruchtbarkeit darstellt.